进项税额转出期末有余额的情况通常出现在企业发生非正常损失或者用于非应税项目时，根据中国增值税的相关规定，这部分进项税额需要从可以抵扣的范围内转出。如果在期末仍有余额未处理，正确的做法是按照以下步骤进行：
1. 明确原因：首先需要明确进项税额转出的原因。如果是由于购进货物或接受劳务用于非应税项目、免税项目、集体福利或个人消费等，那么这部分进项税额应当被转出。
2. 准确计算：根据具体情况准确计算需要转出的进项税额金额。这一步骤要求企业财务人员严格按照国家税务总局的规定和企业的实际情况来进行计算。
3. 账务处理：在会计账务上进行相应的调整。一般而言，会借记“应交税费-应交增值税（进项税额转出）”科目，贷记相关成本或费用科目。这样可以确保账目清晰，符合会计准则的要求。
4. 报表反映：将进项税额转出的信息正确地反映到财务报表中，特别是资产负债表和利润表，以便于外部审计和税务检查。
5. 税务申报：在进行增值税纳税申报时，应将本期进项税额转出情况如实填写到申报表中，确保税务机关能够准确掌握企业的实际税负状况。
6. 后续管理：对于未来可能发生的类似情况，企业应建立健全内部控制制度，加强事前审核与事后监控，避免不必要的税额转出，同时也要定期对财务人员进行培训，提高其业务水平和合规意识。
总之，当发现进项税额转出期末有余额时，企业应及时采取上述措施进行处理，并确保所有操作符合法律法规的要求，维护企业的合法权益。